El clima de Isla Margarita es un clima tropical, un clima caribeño.

El clima en la isla está basado fundamentalmente en un tipo de clima seco y arido, sobretodo en la zona de la península de Macanao.

Sin embargo, en lugares como las poblaciones de San Juan Bautista y el Valle del Espíritu Santo se puede sentir que gana un tipo de clima montañoso por estar ubicadas, estas poblaciones, en las laderas del Cerro Copey, el principal Parque Nacional de la Isla.